Osmanlı Devleti idaresinde XVII. yüzyıldan XIX. yüzyılın ortalarına kadar Ermenilerle ilgili önemli değişiklikler meydana gelmiş; Ermeni Kilisesi, Hristiyanlığı Ermeni milliyetçiliğinin oluşması yönünde kullanmış, bu konuda Avrupalı devletlerin Bab-ı Âli'ye baskıları artmıştır. Artık Ermeniler, Yunanistan’ın yaptığı gibi, bağımsızlığa giden yolda büyük bir devletin yardımına ihtiyaç olduğuna inanmışlardır. Bu sebeple İstanbul Ermeni Patriği Nerses Varjabedyan, dini liderler Mıgırdıç Kırımyan ve Horen Narbey 1878 Berlin Konferansı’nda, ilk defa uluslararası bir toplantıda Ermeni milletinin isteklerini dile getirmişler; Doğu Anadolu’da en azından bir Ermeni Federasyonu kurulmasını talep etmişlerdir. Berlin Anlaşması’ndan sonra, istediklerini elde edememenin verdiği acı ile bir yazısında kırımyan Van Ermenilerine şöyle hitap ediyordu. “…bu doğanın kanunu, eğer koyun gibi olursanız savaşmak için bir boğanın boynuzlarına sahip değilseniz, silahlanmamışsanız sürekli boğazlanırsınız. Arzu ettiğiniz, hayalini kurduğunuz özgürlüğü kan akıtmadan kazanacağınızı mı düşünüyorsunuz?”. Bu tahriklerden sonra Van’da halk arasında bir kaynaşma başlamıştı. İstanbul’da yayımlanan Ermeni gazeteleri bile Kırımyan’ın bu ihtilalci fikirlerinden rahatsızlık duyuyorlardı.
Güç ve şiddet kullanımı, Ermeni propagandasının önemli bir parçası haline dönüşecek, din faktörü Ermeni millî hareketinde yalnızca Avrupa ve Amerika’yı ayağa kaldırmak için bir unsur olarak kullanılacaktır. Ermeniler için bağımsız devlet kurma ve bağımsız bir toplum olma örneği, tarihte yaşanmadığı ve mevcut olmadığı için, bu var olma biçimini engelleyen bir düşman yaratma ihtiyacı kendiliğinden ortaya çıkmıştır. Ermeni tarih yazımı içerisinde, Ermeni liderlerinin ve komitecilerin yaptığı mücadeleler hep kahramanlık, buna karşı gelen, uluslararası hukuka saygılı ve bağlı siyasi birlik içerisindeki devlet sahibi Osmanlı yönetimi hep gaddar ve acımasız gösterilmiştir. Bu tarih yaklaşımı XIX. yüzyıldan itibaren tamamıyla Türk idaresine karşı harekete geçmiş olan devletler tarafından yönlendirilmiştir. Avrupa ve ABD kamuoyu, Osmanlı Devleti’nde meydana gelen olayları, Rum, Sırp ve Bulgarların mücadelelerini zaten Hristiyanlık ruhu ile ele almışlardı. Doğuda bir anavatandan yoksun olan Ermeniler nüfusun ancak yüzde yirmisini teşkil ettikleri bölgelerde bağımsız bir devlet kurmak istiyorlardı ve tezlerinin en zayıf noktası, bu vatan kavramından yoksun olmalarıydı.
Kırımyan’ın seçtiği hareket tarzı, Anadolu’da kısa süre içerisinde meyvelerini vermeye başladı. Van, Ermeni gizli örgütlerinin bir merkezi haline geldi. Erzurum’daki İngiltere Konsolosu Graves, Osmanlı Devleti’nde Ermeni ihtilalcilerin gelerek Ermeni halkını isyana teşvik etmelerini olayların başlangıcı olarak ifade etmektedir. Yine Muş’ta yakalanarak İstanbul’da Sultan II. Abdülhamid’e itiraflarda bulunan meşhur Ermeni komiteci Mihran Damadyan da doğuda Müslümanlara saldırarak ilk olayların kendileri tarafından başlatıldığını söylemektedir.
Bu kritik dönemde 33 yıl padişahlık yapacak olan Sultan II. Abdülhamid, büyük devletlerin tıpkı Balkanlarda olduğu gibi Doğu Anadolu’da bağımsız bir devlet (Ermenistan) kurmak suretiyle Anadolu’yu parçalamak için hazırladıkları planları görerek, asayişi sağlamak için Doğu Anadolu’da fevkalade tedbirler aldı. Ermeni siyasi ve dinî grupları bu durum karşısında faaliyetlerini artırmaya ve Avrupalı devletlerin dikkatlerini çekmeye çalıştılar, bunu Anadolu’da çıkaracakları karışıklıklarla sağlayabileceklerini düşündüler. Bu faaliyetleri kurdukları Hınçak (1887) ve Taşnak (1890) ihtilal örgütleri vasıtasıyla gerçekleştirdiler. Hem Anadolu’da hem de Avrupa’nın farklı şehirlerinde teşkilatlanan Hınçaklar, gücünü ilk olarak 15 Temmuz 1890’da Kumkapı Gösterisi ile ortaya koydu. Gösterinin amacı, ezilen Ermenileri uyandırmak, Osmanlı Hükûmeti ile birlikte çalışan kiliseyi cezalandırmak ve Bab-ı Âli'yi Ermeni istekleri konusunda uyarmaktı.
Ermeni komitecileri özellikle İstanbul Ermeni İhtilal Cemiyeti üyeleri İstanbul’daki Ermeni halkını hem Osmanlı Hükûmeti’ne hem de Ermeni Patrikhanesi’ne karşı yaftalarla kışkırttılar, buna uymayanların ölümle cezalandırılacağını ilan ettiler. Komiteciler Osmanlı Hükûmeti’nde görevli Ermenilere karşı da acımasızca davrandılar. Kumkapı olaylarında şahitlik yaptığı gerekçesi ile Adliye Dairesinde avukatlık yapan Haçik Efendi Ermeni Gizli Cemiyeti tarafından öldürülmüştü. Tarihi kayıtlar ve arşivler bu tehdit ve cinayet belgeleri ile doludur. 1893’te Merzifon’da başlayan ve kısa sürede Yozgat, Kayseri ve Çorum’a yayılan olayları Amerikan Anadolu Koleji öğretmenleri Tomayan ve Kayayan örgütlemişlerdi. Bu olaylardan sonra yargılanan yöneticilerin suçları sabit olmasına rağmen Avrupa devletlerinin ve ABD’nin baskıları sonunda serbest bırakılmaları Anadolu’da olay çıkartmak konusunda Ermeni komitecilerini daha da cesaretlendirecekti. Bu hadiseleri 1894 Sason Olayları takip etti.
Hınçaklardan sonra Anadolu’da ihtilal fikrini yayan ikinci önemli örgüt Taşnaklar oldu. 1890 yılında Tiflis’te kurulan Taşnaksutyun kendisine metot olarak terörü seçmişti. “Bir düzine silah sevk edecek çete, bir düzine programdan daha etkilidir” şeklinde düşünen Taşnak Komitesi’nin amacı, Rusya’dan Türkiye’ye geçen çetelere yardım etmek, savunma teşkilatı kurmak, taraftar toplayarak isyan, ihtilal çıkarmak ve Ermenistan’ın bağımsızlığını sağlamak ve bunun için de Ermenileri silahlandırmaktı. 1896 Osmanlı Bankası Baskını’nı organize ederek İstanbul’da binlerce insanın ölümüne sebep olan Taşnaksutyun Cemiyeti üyesi, Birinci Dünya Savaşı sırasında Tiflis’te Rus ordusu içinde Ermeni gönüllü birliklerini düzenleyecek olan Karekin Pastırmacıyan’dı.
Aslında Ermeni hadiselerini çıkaran ve bir bakıma bu cemiyetlerin kararlarını uygulayan daha önemli bir oluşum vardı: Fedailer. Ermeni halkının belleğinde ihtilal hareketi fedailerin hareketiyle özdeşleşmiştir. Fedailiğin temeli Ermeni köy eşkıyalığına dayanıyordu. 10 ile 15 silahlıdan oluşan seyyar çetelerin ilk hedefi Ermeni köylülerini silahlandırmak ve Osmanlı otoritesine karşı ayaklandırmaktı. Ermeni tarih yazımı içinde millî kahramanlar olarak ifade edilen bu fedailer, yüz yıl boyunca Anadolu’yu kana bulayan Antranik, Hamazsb, Dro, Paramaz ve Sabah Gülyan gibi Ermenilerdi. Bunlar Birinci Dünya Savaşı başladığında Kafkasya’da Rus Çarlığı tarafından kurulan Ermeni Gönüllü Birliklerinin liderliğini yapacaklar, Van, Erzurum ve Bitlis vilayetlerinin işgalinde bölgede yaşayan Müslüman halka karşı tam manasıyla bir soykırım uygulayacaklardı. Bu eylemler gerçekleştirilirken sevk ve iskân kararı henüz alınmamıştı.
1908 yılında İkinci Meşrutiyet’in ilanı ile Ermenilerin çoğu demokratik seçim sistemi içinde haklarını aramaya yöneldiler. Hınçak ve Taşnak birer siyasi parti haline dönüşerek Osmanlı Meclis-i Mebusanı içinde yer aldı. Ancak Taşnak’ın dağ kolunu temsil eden lider Antranik ve Hınçak’ın terör kolunu temsil eden Paramaz ve Sabah Gülyan bu kararlara uymadılar. Onlara göre Meşrutiyet Ermenilere kurulan bir tuzaktı ve Ermenistan’ın geleceği ancak Ermeni halkının silahlı mücadelesi ile inşa edilebilirdi. 1913 yılında Köstence’de gerçekleştirilen Hınçak Cemiyeti’nin 7. Kongresi, partinin Osmanlı kanunları dahilinde çalışan siyasi bir yapı olmasına bakmaksızın Osmanlı Devleti’ne karşı savaş kararı veriyor, bakanlarına suikast kararı alıyordu. Balkan Savaşlarında Osmanlı Devleti karşısında savaşan devletlerin ordusu içinde hem Hınçak hem de Taşnak grupları askeri güç olarak yer alıyorlardı.